Im Jahre 1866, in der Zeit der italienisch-preußischen Feindschaft gegen der Habsburger Monarchie, wurde er an die Spitze der Adriaeskadron gestellt. In dieser Zeit begannen auch seine gesundheitlichen Probleme; auf den Lippen bemerkte er Geschwulste, die ein Arzt in Graz, als er seine Mutter besuchte, entfernte.

Im Sommer 1866 trug der Vizeadmiral Wilhelm Tegetthoff einen wichtigen Sieg gegen der italienischen Marine davon, und zwar die Seeschlacht vor Lissa. Mit diesem Sieg stoppte er die italienische Territorialexpansion an der Adria und gestaltete damit die Landkarte von diesem Teil Europas mit. In der österreichischen Marine gab es sehr viele slowenische Seemänner, Offiziere und Kapitäne. Sechs von siebenundzwanzig Kapitänen sprachen Slowenisch. Die österreichische Flotte war in der Zahl und auch technisch schwächer als die italienische, doch mit sehr geschickten Manövern gelang es ihr, der italienischen Marine, die von dem Admiral Graf Carlo Persano geleitet wurde, auszuweichen.